Escanear fotos y texto hasta obtener un PDF de calidad suficiente

En este caso hablamos de un manual de diagnóstico editado en 1979, con una fotos y claves de identificación que utilizamos continuamente en el laboratorio. Como es natural, con tanto uso en un lugar no demasiado limpio —se trata de identificación de helmintos en muestras fecales— el manual está cada vez peor, no solo por la edad, si no también por el uso. Es un libro descatalogado, así que no hay manera de volverlo a adquirir. Para no perderlo, se nos ha ocurrido escanearlo y conservar una versión en PDF en color. El equipamiento disponible para hacerlo es una Canon i-sensys MF421dw, que escanea de maravilla. Lo ideal sería recortar el libro y escanearlo desde el cargador automático con lo que obtendríamos directamente un PDF. Sin embargo, no queremos destruir aun más el manual, así que hubo que escanearlos página a página. Además, como el manual tiene un formato B5, aproximadamente, luego habrá que recortar, así que la idea es escanear en formato jpg para manipular las imágenes en bloque con imagemagick; bajo esas circunstancias, la impresora-escáner genera una imagen jpg de cada página. Extraídas todas las páginas nos enfrentamos a 178 imágenes jpg, con un tamaño de 2480x3504 píxeles, 300 puntos por pulgada. Va a ser más complejo que una simple conversión como la que hacíamos aquí. Problemas:
1. Ese tamaño se ajusta a un A4, sobra márgenes por todos los lados hasta acercarnos a la página original. Hay que recortar
2. La mitad están dadas la vuelta, ya que el escaneo se hace más fácilmente rotando las impares, debido a la estructura de la impresora. Hay que rotar la mitad de las páginas
3. Hay que convertir una serie de imágenes a un fichero PDF sin perder calidad

Primero hacemos una copia de las imágenes, por que escanear ha llevado el 97% del tiempo y no queremos repetir. Basándonos en imagemagick para hacer cambios en bloque, y por orden:

1. Recortar: cuando se escanea un libro no salen todas las páginas iguales. Sobre el A4 que escanea la máquina, unos van unos milímetros más hacía aquí o allá. Revisando varias muestras a lo largo de las imágenes con Gimp, nos queda un área de recorte de 1890x2815 para evitar perder información (aproximadamente 16x24 cm; más grande que un A4 2014 —148x210— y menos que un B5 —176x250—; seguramente en el año 1979 las ISOs no perseguían a las imprentas. Las medidas estándar se pueden comprobar aquí). Además hay que recortar 20 puntos por arriba y 20 por la izquierda. El comando para realizar esto en bloque es

convert *.JPG -crop 1890x2815+20+20 output.jpg

Este comando utiliza convert para recortar (crop) un rectángulo de 1890 píxeles de ancho y 2815 de alto, recortando 20 pixeles a la izquierda y 20 arriba. El JPG inicial va en mayúsculas por que la impresora extrae los ficheros con la extensión en mayúsculas.

2. Rotar: solo hay que rotar las páginas impares, así que las separé en un directorio diferente. Seguro que con un script de bash se podría evitar este paso, pero así somos más rápidos, efectivos —cumplimos el objetivo— y eficientes —se usan menos recursos, es decir, gastamos menos el cerebro—. Eso sí, hay que evitar un cambio de nombre, ya que es muy importante mantener el orden de los ficheros (output-0.jpg, output-1.jpg...). Comando:

convert *.jpg -rotate "180" -set filename:basename "%[basename]" "%[filename:basename].jpg"

De esta manera  -rotate "180" las gira 180º y -set filename:basename "%[basename]" "%[filename:basename].jpg hace que sobreescribamos los ficheros —por eso hacemos primero una copia de seguridad; nunca se sabe lo que puede pasar—.

3. Conversión de 178 ficheros jpg a un PDF:

convert *.jpg -density 300 -size 1890x2815 test.pdf

Inicialmente ejecuté así para conservar el tamaño, pero no es necesario; si ponemos solamente

convert *.jpg test.pdf

queda igual, ya que las imágenes ya tienen la densidad y resolución deseada.

Queda por decir que antes de ejecutar este último comando hay que corregir los nombres de los ficheros, por que imagemagick los ordenó al recortarlos como

output-0.jpg, 1, 2.... 10,11... 100, 101

y luego al aplicar la última conversión pone el 100 y siguientes antes que el 20, ya que ordena como cadema alfanumérica, sin considerar el valor real del número. En gnome no hay problema, ya que podemos seleccionar por bloques e introducir cambios por grupos, por ejemplo:

Y listo. Quedó perfecto como copia para el laboratorio. No puedo enseñar una copia, por que tiene derechos de autor y lo vamos a usar de manera interna como copia privada, para evitar que se destruya completamente el original, pero no se puede compartir. Sin embargo, para cuando sea necesario hacer una copia de seguridad de un manual con imágenes que se está dañando por su uso continuo, con un escáner que de calidad suficiente y convert de imagemagick lo arreglamos.
El siguiente paso sería intentar hacer OCR del texto, pero este manual es fundamentalmente foto, y no estoy seguro que sea necesario o que vaya a quedar mejor. Eso queda para un ejemplar que sea fundamentalmente texto.

Conversión de un PDF a imagen. Imagemagick, convert y la calidad obtenida

Al contrario que la entrada anterior, ahora me han pedido que convirtiera una ficha editable en una imagen. Lo más sencillo es convertir el ODT en writer a pdf y este a una imagen con convert (comando de imagemagick),

sin importar el número de páginas, ya que convert convierte a cada una en una imagen.

$ convert fichero.pdf fichero.png  # o jpg, según las posibilidades del programa destino

El problema es la calidad de salida. Para PDFs con texto e imágenes, los resultados salen mejor introduciendo algunos parámetros

$ convert -density 300 -quality 96 fichero.pdf fichero.png

Y así sale de manera adecuada. Y si no, que cada uno se ajuste a las muchas posibilidades de convert

man convert

Nada como un terminal pata negra

Morphing múltiple con software libre

La semana pasada una compañera mencionó el interés de hacer un vídeo o presentación que indicara su evolución a lo largo de los años. Unos años atrás yo había realizado un "morphing" entre dos compañeros que había quedado "interesante" y se me "sugirió" como posible autor de ese vídeo. El problema es que en aquel momento utilizaba Windows y ahora, en Linux y software GPL, tras diferentes búsquedas, no he encontrade software libre que pudiera realizar un "morphing" múltiple entre 5 fotos. Por supuesto, por el simple hecho de aprender, hemos llegado a hacer un vídeo avi de 4 segundos con la evolución de esa persona a lo largo de los años.
Partimos de 5 fotos tamaño carnet que copiamos con el móvil (no buscamos la perfección, solo aprender los pasos). En Windows hay diferentes aplicaciones, la mayor parte de pago, que permiten hacer "morphing", pero las que lo hacen con más de 2 fotos —múltiples— son todas de pago. Con aplicaciones de las que usamos todos los días y que podemos instalar desde el terminal tenemos:
- Gimp, con la extensión —"plugin"— de vídeo gap (su -c 'dnf install gimp gimp-gap'
- Mencoder (su -c 'dnf install mencoder')
- Algunos scripts de Gimp

Describamos el proceso por partes:
1. Para hacer la fase de "morphing" hemos usado Gimp con su extensión Gap. Tenemos unas instrucciones más completas aquí. Lo que nos importa es que solo podemos hacer "morphing" entre 2 capas (lo siento, por protección de datos no hay fotos de la persona en cuestión).

Eso nos obliga a hacer una copia de la primera foto en gimp, pegarla como nueva capa y sobre ella añadir una segunda capa de la segunda foto. En el menú Video, que solo tendremos si antes hemos instalado la extensión Gap aparece la posibilidad de morphing - morph, que nos lleva a este menú.

Sobre como debe hacerse, el número de "sharepoints" y todo eso, remito a las instrucciones completas antes citadas. En mi caso, para generar una evolución natural, aplique un solo "sharepoint" en el punto del centro de la parte baja de cada una de las dos fotos. Para generar un segundo de vídeo entre cada dos fotos, pedí 25 superficies, lo que genera 25 capas nuevas que van evolucionando desde la primera foto hasta llegar a la última.
Las posibilidades que nos da Gimp una vez generadas las capas son guardar un gif, con la pérdida de calidad y niveles de color —256 colores— o animación mng, que es un formato de animación asociado a png, pero que no es un estándar y muchos programas no lo reconocen. Por eso decidí grabar cada capa como imagen individual y generar un fichero avi estándar desde la línea de comandos. Gimp no tiene esa posibilidad directamente, pero encontré unos scripts preparados. Guardando los scripts en al directorio /usr/share/gimp/2.0/scripts aparecen en el menú Archivo de Gimp la posibilidad de grabar las capas (como tal o completas) y eso me ha permitido tener la transición entre las dos imágenes.
1capa0001.png - 1capa0025.png (foto 1-2)
2capa0001.png - 2capa0025.png (foto 2-3)
3capa0001.png - 3capa0025.png (foto 3-4)
4capa0001.png - 4capa0025.png (foto 4-5)

2. Generar una salida con transición desde esas 100 imágenes hasta un fichero estándar aplicamos un comando que ya hemos utilizado anteriormente, preparando un avi formato mpeg4 y con 25 imágenes por segundo, aunque esta vez sobre png y no sobre jpg (lo he probado hasta en un windows media player y funciona).

mencoder "mf://*.png" -mf fps=25 -o output.avi -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4

Listo; fácil y "free" (gratis y libre). Tras este experimento hemos comprobado que podemos realizar un morphing múltiple (entre 5 fotos) con aplicaciones de código libre.

Cosas a tener en cuenta:
- Las fotos deben todas tener la misma resolución (ajustar con gimp o bien en terminal con convert de ImageMagick)
- Probablemente sea recomendable ajustar esa resolución a aquella que queramos dar al vídeo (idem)
- La creación de capas en Gimp lleva tiempo; más cuanto menos potente sea el ordenador (y si la RAM está muy justita)
- El comando mencoder, tal como está aquí, sin reconversiones, se ejecuta en poco tiempo

Formatos propietarios imposibles de abrir. CPT

Con los programas comerciales hemos topado. En ocasiones he comentado los cientos (o miles, que no nos vamos a poner a contar ahora) de gráficas realizadas en Harvard Graphics hasta el año 1995 (y unas cuantas decenas de presentaciones en las últimas versiones) que somos incapaces de abrir hoy en día. En este caso no encontramos posibilidad alguna, ni siquiera en Windows y programas comerciales.
Bien, en esta última semana hemos encontrado un segundo caso de dependencias rotas. En la época de PhotoShop 2.5 (ya llovió y nevó) éramos incapaces de imprimir de forma adecuada las fotos editadas con ese software con el hardware del que disponíamos. Por esa razón comenzamos a utilizar PhotoPaint, del que disponíamos como añadido de Corel Draw 3 (lo incluían como un plus en el paquete). Ese inicio por necesidad se acabó convirtiendo en una costumbre, y como siempre venía añadido en el paquete Corel, seguimos usándolo hasta que nos pasamos a software libre (unos 17 años). Y esta pequeña introducción, ¿dónde nos lleva?
Nos lleva a cientos de fotos editadas en formato cpt que no somos capaces de abrir. En concreto esta semana he necesitado una y no he sido capaz de encontrar un paquete que sea capaz de abrir o importar un fichero cpt. La lista ha sido:
- GIMP
- convert de image magick en terminal
- image magick a través de gthumb (GUI)
- Krita
- irfanview a través de wine
- XnConvert, versión de Windows a través de wine, ya que la versión de linux mostró varios errores en su instalación y no pudo terminarse.

http://pixabay.com/en/chains-lock-doors-protection-23041/

No profundicé más, entre otras cosas por que no tenía tiempo, y preferí ir al material y hacerlas de nuevo. De todas maneras es una asignatura pendiente, por que como ya dije disponemos de mucho material en cpt. Obviamente, no estamos en un caso tan grave como Harvard Graphics. Llegado el caso sería posible adquirir una licencia de Paint Shop Pro a Corel o una versión de prueba y convertir las imágenes en una orden bash (o como sea posible) para recuperarlas, aunque está posibilidad no es segura (ver aquí) .

COROLARIO: el que con software propietario se acuesta...

PDF en terminal

Cada día me gusta más el terminal. Estos días mis compañeros están generando una gran cantidad de documentación que ha de ser justificada a través de documentos electrónicos con formato PDF. En un momento determinado nos hemos encontrado con una gran cantidad de material escaneado con formato jpg. El cambio a PDF parecía que iba a ser largo y costoso en tiempo, pero en Linux todo es posible. Una simple orden en terminal

convert *.jpg documentacion.pdf

y todos los PDF estaban en un fichero PDF, página a página y perfectamente transformado, en unos 20 segundos. convert es un comando de imagemagick; si no estuviera disponible, simplemente instalar el paquete imagemagick.
Además, por la tarde surgió la necesidad de extraer unas imágenes desde un PDF. En mis apuntes encontré la orden pdfimages; una simple orden

pdfimages -j fichero.pdf nombre

y todas las imágenes del pdf salen en orden, numeradas como nombre-1.jpg, nombre-2.jpg ... La opción -j es la que permite que salgan como jpg, ya que si no saldrían con formato ppm. pdfimages forma parte del paquete poppler-utils. Ambos paquetes suelen estar instalados en la mayor parte de las distribuciones, pero si no es así, es un simple

Los debianos (multitud de ubunteros incluidos),
sudo apt-get install imagemagick poppler-utils

Los de Fedora
yum install imagemagick poppler-utils

y otras muchas posibilidades, incluso gráficas. Recomendable la lectura de los manuales de los comandos, ya que las posibilidades, sobre todo de convert, son casi infinitas.

Programas inútiles

Todo esto nace de un blog que leo frecuentemente. En concreto presenta una entrada titulada Los programas más inútiles disponibles en la Red. Al principio me reí un rato, pero después me puse a pensar que programas son más inútiles, y se me ocurrieros varios, como Explorer, Messenger, la utilidad de Windows para defragmentar, todas esas cosas que sacábamos con nLite, muchos antivirus... vamos, en resumen, programas que existen solo por debilidades de Windows. Y esto me llevó a mi pensamiento más profundo y secreto... el más inutil es Windows, que encima cuesta dinero. Y entoncés me reí un poco más, hasta que pensé en la máquina virtual que tengo para usar SPSS y se me cortó la risa.
La sequía de estos días (y no soy el único) se debe, también en mi caso, a la época de examenes (gracias a Dios, ahora los pongo yo) y a la increíble actividad de gestión que se genera en la Universidad en estos momentos. Si hay que enfermar, espere por favor a finales de mayo y pida la baja. Vuelva en octubre, con los exámenes de septiembre corregidos y las actas firmadas y se habrá ahorrado un montón de trabajo. Debido a tanta presión y a trabajar por la noche en el ordenador de casa (ese es uno de los defectos de la red) sin tener "tiempo libre", que dedico habitualmente también al ordenador, no me había dado cuenta de una instalación mal terminada que me tenía sin actualizaciones de Ubuntu desde hacía ¡58 días! Como hoy (ayer) en mi despacho se actualizó el kernel de Linux, y al llegar a casa no me lo pedía el ordenador, pedí la actualización y salieron todos mis despistes. Ya ha sido todo corregido y el único esfuerzo, aparte de bajar 193 paquetes con 139MB ha sido que después he tenido que instalar de nuevo la ¡maquina virtual de Windows! Sí, yo también necesito ese programa inútil, aunque aquí, al contrario que en mi despacho, la uso para codificar (ratDvd, GordianKnot y AutoGordianKnot) y editar subtítulos. Lo único que he tenido tiempo a probar ha sido gThumb como gui grafica de imagemagick. Se debe a que me preguntaba con que programa podía sustituir los visores que usaba en Windows y con los que hacía cambios de resolución y cosas así, y descubrí que mi propia distribución me ofrecía imagemagick, que hace todo eso y mil cosas más, pero como venimos de un mundo tan vacío como Windows, necesitamos poner una máscara gráfica que nos haga fáciles las cosas, y por eso puse gThumb. Ah!, para los de Windows, todo gratis y funciona bien. Verdad de la buena, sin pantallazos azules

PD. Como noto en falta desde que uso Linux mi pantallazo azul semanal. Voy a tener que buscar un programa inutil que emule pantallazos azules, o quizá en Linux será que aMule pantallazos, quien sabe